Zoals vaak het geval is met veel gebak, blijft de oorsprong van de Madeleine een punt van controverse.
Volgens de overlevering dateren Madeleines uit de Middeleeuwen, toen de bedevaart naar Santiago de Compostela werd opgericht. Er wordt gezegd dat een jong meisje, genaamd - zoals je misschien al geraden hebt "Madeleine", pelgrims deze kleine cake aanbood, gegoten in een sint-jakobsschelp, die het embleem van de bedevaart was.
De Madeleine, die meer als tussendoortje dan als dessert werd gegeten, werd al snel erg populair in Frankrijk, maar ook in het buitenland, en is vandaag de dag nog steeds erg populair.